随着特朗普单位对联邦单位进行全面改革，美国国立卫生研究院可能成为重组的首要目标之一。“我确实认为，你可能会看到美国国立卫生研究院以及美国疾病控制与预防中心甚至美国食品药品监督管理局等其他公共卫生机构的变化，”Joel Zinberg博士说，他是竞争企业研究所的高级研究员，也是Paragon健康研究所公共卫生和美国福祉倡议的主任，这两个机构都是保守派智库。他说：
“我认为这主要是因为在疫情期间，人们对这些机构的信任确实受到了侵蚀。”。虽然美国国立卫生研究院（NIH）每年获得480亿美元的生物医学研究资金，但历史上一直得到两党的支持，特朗普在第一任期内提议削减其预算。疫情并没有在某些方面给该机构留下积极的印象。津伯格说：“我认为改变是有必要的。恢复对公共卫生机构的信任很重要，美国国立卫生研究院就是其中之一。”。美国国立卫生研究院的一些重大改革需要国会批准。
特朗普有权立即任命美国国立卫生研究院院长，但新院长必须得到参议院的确认。现任主任Monica M.Bertagnolli于11月由拜登任命。改组美国国立卫生研究院也有支持者。主流医学的直言不讳的批评者小罗伯特·F·肯尼迪（Robert F.Kennedy Jr.）对特朗普很感兴趣。事实上，肯尼迪在周末表示，他想立即更换600名美国国立卫生研究院员工。
肯尼迪在亚利桑那州斯科茨代尔举行的天才网络年度活动上发言时说：“我们需要迅速采取行动，我们希望在1月20日让这些人就位，这样在1月21日，600人将走进美国国立卫生研究院的办公室，600人离开。”。共和党国会议员以及传统基金会等其他保守派智库一直在为改变美国国立卫生研究院提出长长的待办事项清单。一项提案将把美国国立卫生研究院从27个独立的研究所和中心筛选到15个。津伯格说：
“该机构现在在谨慎的孤岛中工作，这些孤岛主要是根据疾病或器官组织的，而不是对疾病采取更全面的方法。”。“因此，我认为人们有兴趣打破这些孤岛，精简机构，使各个机构更加跨领域。”Brett Giroir博士在特朗普的第一任期内担任过多个卫生职位，并在新冠肺炎应对中发挥了重要作用，他对此表示赞同。他说：“我确实认为潜在的重组可能很重要。这些机构已经变得非常棘手。”。“跨机构的科学需求没有得到很好的解决。
我最后介绍了美国国立卫生研究院以前从未见过面或从未认真合作过的人。”另一项提案将对美国国立卫生研究院领导人施加任期限制，以防止像美国国立过敏和传染病研究所长期负责人安东尼·福奇博士这样的未来人物的出现。福奇成为共和党批评的避雷针，因为他在疫情期间对口罩的建议不断变化，他对疫苗的倡导，他对无效治疗的批评，以及关于导致疫情的严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2型起源的争论。津伯格说：
“在那之后，没有人会想到这些机构有能力提供好的信息。”。有很多关于改革该机构预算使用方式的讨论。津伯格说：“人们非常担心美国国立卫生研究院的拨款过程效率低下、繁琐——它需要大量的文书工作和初步数据。”。“从某种意义上说，它有点近亲繁殖和僵化，因为大多数资助都流向了以前获得过资助的人。大多数资助流向了一小群大学——大部分资助流向了年长的研究人员。”
一项引起一些美国国立卫生研究院支持者特别关注的提议是，绕过该机构的强化同行评审制度，通过整笔拨款将至少部分美国国立卫生院预算直接交给各州。然后，各州将发放这笔钱。许多生物医学研究的支持者都认为，一些改变可能是有必要的，也是有益的。但一些人担心，这可能会导致美国国立卫生研究院大幅削减预算，从而破坏该机构开展的生物医学研究的科学和经济效益。research的高级副总裁Ellie Dehoney说：
“你为什么要解散一个世界领先的研究机构？”！美国，一个倡导科学研究的非营利组织。这就像是说，‘让我们撤销国防并阻止拨款。’没有理由拿一个成功的机构来拆除它。”哈佛医学院院长乔治·戴利博士说，医学界的许多人“深感担忧”。“任何导致对医学研究的支持全面减少的重组都可能产生毁灭性的影响。”
根据Elias Zerhouni博士的说法，各州没有通过整笔拨款选择最佳科学项目的专业知识，他在2002年至2008年期间在乔治·W·布什总统的领导下管理着美国国立卫生研究院。Zerhouni说：“我认为这不会奏效，因为它并不能真正保证我认为我们拥有的皇冠上的宝石过程，即独立的同行评审。”。“这将比它需要的更具政治性，也应该如此。你希望它超越政治。这是我们需要保护免受政治影响的事情之一。”
下一届特朗普单位还可能打击对某些生物医学研究的资助，例如研究病原体如何变得危险的“功能获得”研究，以及对一些人提出伦理问题的人类胚胎干细胞研究。限制某些类型的研究有一些支持者。美国科学家联合会首席执行官丹尼尔·科雷亚表示：“特朗普单位可能会给美国国立卫生研究院及其议程带来潜在的积极影响。”。“加强实验室安全，重新审视和加强对功能获得研究等风险研究的监督，可能是美国国立卫生研究院下一个议程的核心。
我认为这将是受欢迎的。”但科雷亚和其他人表示，新单位似乎也可能对其他类型的医学研究施加限制。例如，特朗普单位可能会恢复对使用流产胎儿组织进行生物医学研究的限制，拜登总统取消了这些限制。加州大学圣地亚哥分校研究胎儿组织的劳伦斯·戈尔茨坦博士说：“恢复对胎儿组织研究的禁令是错误的，因为它是基于对胎儿组织缺乏重要进展和使用的虚假和误导性声明。”。
“如果美国人想看到关于修复器官损伤、脑损伤和我们试图对抗的所有其他疾病的快速研究，胎儿组织是工具箱中非常重要的一部分。”在他看来，戈尔茨坦并不孤单。